Stroški neskladnosti zajemajo tiste stroške, ki nastanejo zaradi neizpolnjevanja standardov kakovosti za izdelek. Ti stroški se sprožijo, kadar težave v proizvodnem procesu povzročijo pomanjkljivosti, zaradi katerih izdelki postanejo neuporabni. Stroški lahko vključujejo predelavo, odpadke, stroške terenskih storitev, zamenjave garancije in stroške izgubljenih strank.