Uporaba proračuna znotraj podjetja ima več pomanjkljivosti, in sicer:
Potreben čas . Ustvarjanje proračuna je lahko zelo dolgotrajno, zlasti v slabo organiziranem okolju, kjer bo morda potrebno veliko ponovitev proračuna. Vključen čas je krajši, če obstaja dobro zasnovan proračunski postopek, zaposleni so vajeni postopka in podjetje uporablja programsko opremo za proračun. Zahteva po času je lahko nenavadno velika, če je vzpostavljen participativni postopek priprave proračuna, saj ta sistem vključuje veliko število zaposlenih.
Igranje sistema . Izkušeni upravitelj lahko skuša uvesti proračunsko ohlapnost, ki vključuje namerno zmanjšanje ocen prihodkov in povečanje ocen stroškov, tako da lahko zlahka doseže ugodne razlike glede proračuna. To je lahko resen problem in za opazovanje in odpravo zahteva precejšen nadzor.
Krivda za rezultate . Če oddelek ne doseže predvidenih rezultatov, lahko vodja oddelka krivi druge oddelke, ki mu zagotavljajo storitve, ker njegovega oddelka niso ustrezno podprli.
Dodelitev stroškov . Proračun lahko predpiše, da se določeni zneski režijskih stroškov dodelijo različnim oddelkom, upravitelji teh oddelkov pa se lahko sprašujejo o uporabljenih metodah razporejanja.
Porabite ali izgubite . Če je oddelku dovoljen določen znesek izdatkov in ni videti, da bo oddelek porabil vsa sredstva v proračunskem obdobju, lahko upravnik oddelka v zadnjem trenutku odobri čezmerne izdatke z utemeljitvijo, da se bo njegov proračun zmanjšal v naslednjem obdobju, razen če porabi vse, kar je odobreno v tekočem proračunu.
Upošteva samo finančne rezultate . Proračuni se ukvarjajo predvsem z dodelitvijo gotovine za določene dejavnosti in pričakovanim izidom poslovnih transakcij - ne ukvarjajo se z bolj subjektivnimi vprašanji, kot je kakovost izdelkov ali storitev, ki se zagotavljajo strankam. Prav tako ne zajema nobenega pregleda tveganj, ki jim je podjetje izpostavljeno. Ta druga vprašanja lahko navedemo kot del proračuna, vendar to običajno ni storjeno.
Strateška togost . Ko podjetje oblikuje letni proračun, se lahko višja vodstvena skupina odloči, da bo organizacija v naslednjem letu v celoti usmerjena v doseganje ciljev, določenih v proračunu. To je lahko težava, če se nekje v proračunskem letu trg premakne v drugo smer. V tem primeru bi se moralo podjetje preusmeriti na trg, ne pa se držati proračuna.
