Sistem kontrol ne daje popolnega zagotovila, da bodo cilji nadzora organizacije izpolnjeni. Namesto tega je v vsakem sistemu več lastnih omejitev, ki zmanjšujejo stopnjo zanesljivosti. Te inherentne omejitve so naslednje:
Dogovarjanje . Dve ali več oseb, ki jim je nadzorni sistem namenjen, da pazijo drug na drugega, bi lahko namesto tega stopile v izogibanje sistemu.
Človeška napaka . Oseba, ki je vključena v nadzorni sistem, se lahko preprosto zmoti, morda pozabi uporabiti nadzorni korak. Oseba ne razume, kako naj se uporablja nadzorni sistem, ali ne razume navodil, povezanih s sistemom. To lahko povzroči dodelitev napačne osebe določeni nalogi.
Preglasitev upravljanja . Nekdo v vodstveni ekipi, ki je za to pooblaščen, lahko v lastno korist preglasi kateri koli vidik nadzornega sistema.
Manjka ločevanje nalog . Nadzorni sistem je bil morda zasnovan z nezadostno ločitvijo nalog, tako da lahko ena oseba moti njegovo pravilno delovanje.
Posledično je treba sprejeti, da noben sistem notranjega nadzora ni popoln. Vedno obstaja način, na katerega lahko propade ali se ga izogne.