Medpodjetniško računovodstvo je sklop postopkov, ki jih matična družba uporablja za odpravo transakcij med njenimi odvisnimi družbami. Če je na primer ena hčerinska družba prodala blago drugi hčerinski družbi, to z vidika matične družbe ni veljavna prodajna transakcija, saj je transakcija nastala znotraj podjetja. Posledično je treba prodajo odstraniti iz poslovnih knjig v trenutku, ko se pripravljajo konsolidirani računovodski izkazi obvladujoče družbe, tako da se ta ne prikaže v računovodskih izkazih.
Transakcije med podjetji je mogoče označiti v računovodskem sistemu organizacije na mestu izvora, tako da jih je mogoče samodejno varnostno kopirati, ko so pripravljeni konsolidirani računovodski izkazi. Če v programski opremi ni funkcije za označevanje, je treba transakcije ročno identificirati, kar ima veliko stopnjo napak. Slednji primer je najpogostejši v manjši organizaciji, ki je uporabljala računovodski sistem, manj bogat s funkcijami, in zdaj ugotavlja, da nima potrebnih funkcij za označevanje transakcij, ki so potrebne za obračun odvisnih družb.
Računovodstvo med podjetji je lahko eno ključnih ozkih grl v postopku zapiranja knjig za matično družbo, zato bi moralo biti središče pozornosti vodstva, da bi našli načine za racionalizacijo postopka.
